Ao entrar no gerenciador da loja você pode acessar através da aba Estoque > Gerencia de Estoque 

Nessa janela você pode clicar em Novo você terá uma lista com todos os produtos do estoque e seu numero de estoque atual

Apartir dai você pode fazer uma alteração em massa dos produtos que desejar colocando um numero no espaço de quantidade 
por exemplo para adicionar 5 peças ao estoque de um produto você deve adicionar 5 e para remover 5 peças você deve digitar -5